Нет, ну логика же мне подсказывает, что корабль Иерархии получал б от командования заданий не меньше... ;)
Там просто Альянс старательно показывает, что в гробу он видал принадлежность Шепарда к Спектрам, и продолжает считать его и его корабль частью Пятого Флота.