\\Но вот тот факт, что она расположена на поверхности планеты... В каноничном Треке звездолёты строились на орбите.

Что требует наличия развитой звезной базы.
А по фильму, Федерация тут предстает гораздо более молодой и гораздо менее сильной.


\\Это было испокон веку, и это, кстати, было реалистично, поскольку поднимать на орбиту детали и материалы по отдельности, в компактной упаковке, гораздо проще, чем готовый корабль целиком,

Это все зависит от используемой технологии.
А поднять из гравитационного колодца цельный, хоть и довольно большой объект.
И это при наличии немеряных гигаватов энергии для гипердвигателя,
не такая уж и техническая проблема.
Главное, взлет всетаки показывают не с экипажем, а экипаж как и обычно -- на шатлах.


\\тем более что к полётам в атмосфере местные корабли не приспособлены никак.

Да ну... а как же ситуация с китообразными? Где не только в атмосферу, а еще и под воду приходилось.
А то что в сериале такого не было... так на то есть древнее еще объяснение -- бюджетность.
Да бог с тобой, полетов в атмосфере нет даже в ЗВ, классике.


\\И это, пардон, уже никакими эффектами бабочки не оправдать - сильно сомневаюсь, чтобы таинственная гибель одного-единственного звездолёта двадцать пять лет назад могла так мощно перепахать всю кораблестроительную промышленность человечества.

Подорвать поддержку программы развития -- как минимум.


\\"Энтерпрайз" выглядит совершенно не так, как в классическом сериале (и снаружи, и внутри),

Не удивительно, учитывая выше указаное.


\\и отчего-то именуется флагманом, хотя в оригинале был просто одним из сотен крейсеров Звёздного флота, совершенно типовым.

Да ну???
Это при том, что ясно же сказано, что для того чтобы защитить Землю,
пришлось стягивать ВЕСЬ флот, и там его успешно покрошили
Причем, явно видно насколько типовым он при этом являлся.


\\Впрочем, это можно эффектом бабочки как раз-таки отмазать - вероятно, это название просто досталось другому кораблю, подобного рода изменения как раз вписываются в рамки заявленных влияющих факторов.

А флагман... флагман он называется просто потому, что на нем находился верховный командующий,
хоть и оказавшийся по совместительству ректором академии... что дополнительно дает почуствовать всю бедственность положения федерации.