> как бы не везло в FTL, обязательно встретится противник, который будет не по зубам
Как повезёт. Слово "обязательно" я бы не употреблял.

> полностью улучшенные двери они против десанта хорошо защищают?
Да. Ломаются вдвое дольше, чем двери второго уровня, позволяя врагу нахлебаться вдвое больше освежающего вакуума.

> не может ли противник вломится прямо в щитовую, или там оружейную?
Может только если телепортировался напрямую туда.